La Parroquia de Nuestra Señora de la Encarnación tiene mucha historia a sus espaldas, ya que se remonta a los tiempos de la reconquista. Cuando los Reyes Católicos consiguieron hacerse con Álora, mandaron derribar las mezquitas y construir iglesias. Fue así como la primitiva parroquia se ubicó al pie del Castillo, rodeada y protegida por sus altos muros, sobre la mezquita principal. Se estableció en un punto estratégico, pero que no le permitía su ampliación, mientras el resto de la ciudad seguía creciendo alrededor del castillo y de la muralla.
La parroquia está ubicada en el casco histórico
Viendo el gran avance del municipio se decidió erigir la Iglesia Parroquial en la Plaza Baja, centrándola en el núcleo urbano. La construcción se extendió casi un siglo, dando comienzo en 1600 y acabando en 1699. Hoy en día es una de las Iglesias más grandes de la provincia, superada por la Catedral de Málaga.
No es hasta 1983 que realizan una gran y merecida reforma al interior de la parroquia. En ella instalaron cámaras de aire en las paredes para evitar la humedad que solía tener la sacristía, bajaron el nivel del suelo y lo reemplazaron por uno similar debido a su mal estado, además realizaron la primera instalación eléctrica con una luz más directa.
Durante el tiempo que duró la reforma, el culto se realizó en la Iglesia de la Veracruz. Hoy en día podemos apreciar una pequeña zona con el suelo original del siglo XVII, conservado en Cristo de los Estudiantes.
En 2009 se hizo el último cambio visible en la Parroquia de Nuestra Señora de la Encarnación, en la cual modificaron las fuentes de luz por unas que no emiten radiaciones ultravioletas ni térmicas elevadas, para proteger y conservar las obras de arte, así como el retablo y las pinturas de los apóstoles.